市场风险 - ETF需要面对与所跟踪或投资市场或指定行业相关的经济、政治、货币、法律和其他风险。
交易价高于或低于资产净值 - 由于ETF 的买卖价通常取决于市场供求，有可能以高于或低于其资产净值的价格买卖。此外，若被动型ETF 所跟踪的参考指数设有参与限制，增设或赎回被动型ETF 单位的程序或无法自由及有效率地进行。
由于供求失衡只可能靠增设或赎回额外单位来解决，因此如ETF在增设或赎回单位方面出现困难，或会导致买卖此类ETF时的溢价或折让，较没有上述限制的传统ETF为高。
与ETF终止运作相关的风险 - ETF与其他基金一样，会在若干情况下提前终止运作，例如用作为基准的的有关指数不再存在，或ETF的规模小于基金组成文件及基金销售文件内载列的预设资产净值限额。投资者应参阅基金销售文件内有关终止运作的部分，以了解详情。
投资者应留意，一旦ETF宣布终止运作，届时将会对第二市场内的庄家活动及ETF单位买卖造成负面影响。因此，有关ETF单位的买卖价可能非常波动，令投资者蒙受重大损失。
此外，当公布ETF终止运作后，将会预留终止运作的开支及费用，或会令ETF的资产净值大幅下跌。有关终止运作的开支及费用可能令投资者蒙受重大损失。
如ETF已就潜在税务负债拨备，当其终止运作时，投资者可能无法取得退款或税项拨备的其他分派。
若ETF终止运作，投资者可能无法取回投资款项。
流通风险 - 虽然在联交所上市或买卖，但这并不保证ETF具有流通的市场。此外，若ETF使用结构性票据及掉期等金融衍生工具，而这些工具在第二市场的买卖并不活跃，价格的透明度又不及实物证券，则基金的流通风险会更高。这可能导致较大的买卖差价。此外，这些金融衍生工具的价格也较易波动，波幅也较高。因此，要提早解除这些工具的合约就比较困难，成本也较高，尤其若市场有买卖限制，流通量也有限，解除合约便更加困难。
税务及其他风险 - 正如所有投资，ETF会面对由所投资和跟踪相关市场的地方当局所设置的税项。此外，ETF亦须面对新兴市场风险，以及所跟踪市场的政策变动所涉及的风险。
与内地资本增值税相关的风险 - 海外投资者(包括并非于中国内地注册成立的投资基金、合格境外机构投资者（QFII）及人民币合格境外机构投资者（RQFII）) 投资于内地证券，要面对有关内地资本增值税的风险和变数。内地当局目前并未征收此等税项，或作出临时豁免。
基金经理会按其专业及商业判断，在以投资者最大利益为前题下及获得的专业税务意见后，不时考虑及决定是否就交易所买卖基金（ETF）的潜在资本增值税作出拨备（若然作出拨备，有关拨备的水平和政策）或调整该ETF现行的资本增值税拨备政策。
每只ETF的税项拨备政策或有不同，视乎其所获得的专业税务意见及其他相关因素而定。有些ETF可能不作任何资本增值税拨备。即使ETF已作资本增值税拨备，其拨备水平可能会过多或不足。内地的税务法规及政策或会出现变更，投资者须留意内地税务当局或会征收资本增值税，以及追溯征收税项的风险。倘内地税务当局开始征收资本增值税，拨备（如有）与实际税务责任之间的差额会从ETF的资产支付，并可能对有关ETF的资产净值产生重大负面影响，因而令投资者蒙受重大损失。
仍然持有有关ETF的投资者会因内地税务当局执行征税及／或基金经理调整税务拨备政策而受到影响。如果投资者在执行征税和/或改变拨备政策之前已卖出／赎回其在ETF的权益，其回报则不会受到影响，但该等投资者亦不会受惠于ETF税务拨备的回拨。资本增值税对投资者是有利抑或有弊，视乎该税项有没有及如何被征收以及投资者何时投资于有关的ETF。
投资者买入ETF(而该ETF可能透过内地跨境投资渠道(例如RQFII、QFII、沪港通及深港通、债券通及中国银行间债券市场等)或其他内地市场连接衍生产品大量投资于内地证券)之前，应详阅基金销售文件内披露的资本增值税拨备政策及相关风险。如有疑问，应谘询专业顾问。
被动投资风险 - 被动型ETF并非「主动地管理」，因此当相关指数下跌，跟踪该指数的被动型ETF的价值亦会应声下跌。被动型ETF的基金经理不会于跌市中部署防御性仓位，所以投资者可能会于相关指数下跌时损失其大部分投资。
信贷／交易对手风险 - 合成被动型ETF 通常会投资于由交易对手发行的场外衍生工具，以跟踪相关指数的表现。这类合成被动型ETF 或会因交易对手违责而蒙受损失，亏损金额可高达衍生工具的全部价值。
因此，合成被动型ETF除了要承受相关指数成份证券所涉及的风险外，还要为了模拟指数的表现，而要承受发行这些衍生工具的交易对手的信贷风险。
部分合成被动型ETF会从多个不同的交易对手买入金融衍生工具，以分散交易对手的信贷风险。不过，被动型ETF 的交易对手愈多，其受到交易对手违责所影响的可能性就愈高。只要任何一个交易对手违责，有关的被动型ETF 便可能会蒙受损失。
你亦须注意，由于这些衍生工具的发行人绝大多数是大型国际金融机构，此举本身亦可能构成集中风险。被动型ETF 其中一家衍生工具交易对手一旦倒闭，可能会对该被动型ETF 的其他衍生工具交易对手造成连锁效应。结果，被动型ETF所承担的亏损，或会远高于预期其中一家交易对手违责时要承担的亏损。
投资者应注意，合成被动型ETF的交易对手方若有提供抵押品，有关抵押品的投资或会集中于特定市场、行业及/或个别主权国或公共机构发行的证券，但未必与所跟踪的指数有关。
此外，即使合成被动型ETF的抵押品水平已达致交易对手风险总额的100%，但当有关被动型ETF 打算行使对抵押品的权利时，如市况在抵押品变现前大幅下跌，抵押品的市值便可能会远低于原先提供的担保价值，故被动型ETF会蒙受重大损失。
模拟误差 - 这是被动型ETF的表现（以资产净值量度）与相关指数的表现不一致。出现模拟误差的原因有很多，包括被动型ETF的跟踪策略失效、受基金须支付的费用及支出的影响、被动型ETF的计价货币或交易货币与相关投资所用的货币之间的汇率差价，又或被动型ETF所持证券的发行公司进行企业活动，例如供股，派发红股等。
视乎被动型ETF所采取的策略，被动型ETF未必按相关指数相同的比例持有所有成分股。因此被动型ETF所持证券的表现（以资产净值量度），可能优于或落后于有关指数。
衍生工具提早平仓的风险 - 合成被动型ETF一般透过投资于衍生工具来跟踪指数的表现。如果在衍生工具未到期前提早平仓，平仓的成本可能会因应当时市场情况而有所不同。有关成本可能会十分高，特别是在市场大幅波动的时候。
所以，若投资者赎回基金单位，或合成被动型ETF终止运作 (例如当基金规模下跌至很低水平)，退回给投资者的金额可能由于衍生工具在未到期前提早平仓的成本，而大幅低于基金的资产净值，可能令投资者蒙受重大损失。
